根尖偏移使根尖段不能严密充填，X线片表现为根管充填材料超出根尖孔，同时横径欠填。根尖偏移可以分为三型，各有各的处理方法。
1、Ⅰ型根尖偏移
解剖根尖孔轻度偏移 如果根管壁有足够的厚度，操作者可重新对根尖孔上方的根管进行成型，建立良好的根管预备形态之后进行充填，再重新成型根管之前，应对牙根的厚度和抗力进行评估，防止因为根管壁因为过度地切削而发生带状侧穿。
2、Ⅱ型根尖偏移
解剖根尖孔中度偏移，如果对这种根管进行和上述相同操作，极易造成根管侧穿，由于Ⅱ型根尖偏移往往有较多的渗出，适当的方法是在根尖偏移处放置屏障控制出血或者渗出，然后进行充填。
MTA是一种新型的牙科修补材料，生物相容性好，可用于根尖偏移、喇叭形根尖孔、根管侧穿等病例的手术或者非手术修补。MTA无溶解性、边缘无渗漏、X线阻射，动物实验中MTA表面有牙骨质沉积，提示其具有促进牙周支持组织重建的潜能。潮湿环境对MTA的性能无明显影响，粉液调和后4~6小时硬固，是一种理想的根尖屏蔽材料。
使用时将粉末状的MTA与无菌水调和成厚糊状，由银汞输送器或MTA输送枪输送到根管内的适当位置后，用尖端经过修正的大锥度牙胶尖或大小适宜的垂直加压器轻捣根管内的MTA，推动其达到根尖1/3区，超声尖插入MTA中，以最低能量震动，也可采用间接超声振动，即超声尖与插入MTA中的其他器械如DG- 16、手用锉或者垂直加压器接触传递超声能，超声器械的选择依据根管的直径和长度而定，其作用是通过超声能使根管内的MTA产生波浪样运动，促进材料向根尖区移动并与局部的形状相适合，同时排除气泡达到致密充填，当根尖区已致密充填4~5mm的MTA经过X线片确认之后，方能进行下一步操作。
在较直的根管内，可通过CPR-3,4,5超声尖的震动引导根管上段的MTA到达缺损区，修补根管弯曲部根方的缺损时，可先用牙胶尖将4~5mm长度的 MTA 推到根尖弯曲部，预弯的15或者20号不锈钢手用锉插入MTA中，至距离工作长度1~2mm的深度，然后将CPR-1超声尖置于根管锉的颈部，通过间接超声振动促进MTA移向缺损区。
MTA的固化需要水分，根尖周的组织液可为根管末端的MTA的固化提供潮湿环境，对于根管内的MTA,则需放置一个湿润的小棉球。下次复诊时，将小棉球取出，用尖头探针检查MTA的硬度，硬固的MTA呈砖块般的质地，如果MTA没有硬固，则需要将根管内的材料取出，冲洗干净之后，纸尖吸去多余水分(不要过分干燥)之后，重新充填MTA。
3、Ⅲ型根尖偏移
解剖根尖孔严重偏移。这类根管末端的开口因为严重偏离原有的位置，屏蔽技术难以起到良好的效果，如果希望保留患牙，可在根管充填后进行根尖手术或者在根尖手术的同时完成根管充填，对于某些患牙，只能以拔牙告终。
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